2011年10月26日（水）〜28日（金）の三日間にわたり，つくばにて開催される第155回農林研究交流センターワークショップ〈分子系統学の理論と実習〉で使用するソフトウェアの一覧表は下記の通りです（アルファベット順）：
ActivePerl 5.12.4.1205 (x86)
http://www.activestate.com/activeperl/downloads
Clustal-X
http://www.clustal.org/download/current/clustalx-2.1-win.msi
ContextConsole Shell Extension 2.1.0
http://code.kliu.org/cmdopen/
CopyCat 1.14
http://ab.inf.uni-tuebingen.de/software/copycat/
CoRe-Pa
http://pacosy.informatik.uni-leipzig.de/58-1-Downloads.html
EMBOSS 6.4.0.4
ftp://emboss.open-bio.org/pub/EMBOSS/windows/
FigTree 1.3.1
http://tree.bio.ed.ac.uk/software/figtree/
Kakusan4 4.0.2011.05.28
http://www.fifthdimension.jp/products/kakusan/
Jane 3
http://www.cs.hmc.edu/~hadas/jane/index.html
Java RunTime Environment
http://java.com/en/
Java 6 Update 27 (32bit)
http://java.com/ja/download/manual.jsp
MAFFT All-in-one version 6.861 (win32)
http://mafft.cbrc.jp/alignment/software/
MCMC analysis
http://www.geocities.jp/ancientfishtree/mcmctreeExampleVert6/mctVert6.tar.gz
MEGA5
http://evolgen.biol.se.tmu.ac.jp/MEGA/MEGA5.05_Setup.exe
Mesquite
http://mesquiteproject.org/mesquite/download/download.html
njplot
ftp://pbil.univ-lyon1.fr/pub/mol_phylogeny/njplot/njplotWin95.exe
Phylogears2 2.0.2011.10.14
http://www.fifthdimension.jp/products/phylogears/
PhyloWidget
http://www.phylowidget.org/
Sakura Editor 2.0.3
http://sourceforge.net/projects/sakura-editor/
SplitsTree
http://www.splitstree.org/
TNT Win (charmode)
http://www.zmuc.dk/public/phylogeny/TNT/
Treefinder March 2011
http://www.treefinder.de/
TreeMap 1.0
http://taxonomy.zoology.gla.ac.uk/rod/treemap.html
trimAl 1.2
http://trimal.cgenomics.org/downloads
——-
第155回農林交流センターワークショップ
分子系統学の理論と実習
http://www.affrc.go.jp/ja/tsukuba_office/tbhpdf_koryucenta/seminar/155ws.html
ClustalX
http://www.clustal.org/download/current/clustalx-2.0.12-win.msi
NJplot
ftp://pbil.univ-lyon1.fr/pub/mol_phylogeny/njplot/njplotWin95.exe
sample.fasta
http://cse.niaes.affrc.go.jp/minaka/files/sample.fasta
TreeMap 1.0
http://taxonomy.zoology.gla.ac.uk/rod/treemap.html
TreeFitter
http://www.ebc.uu.se/systzoo/research/treefitter/treefitter.html
Copycat
http://www-ab.informatik.uni-tuebingen.de/software/copycat
Mesquite
http://mesquiteproject.org/mesquite/download/download.html
BayesTraits
http://www.evolution.rdg.ac.uk/BayesTraits.html
Java Runtime Environment
http://java.com/
ActivePerl
http://www.activestate.com/Products/activeperl/
Open Command Prompt Shell Extension
http://code.kliu.org/cmdopen/
サクラエディタ
https://sourceforge.net/projects/sakura-editor/
EMBOSS
ftp://emboss.open-bio.org/pub/EMBOSS/windows/
ClustalW2/ClustalX2 (注: MEGA5があればこれらは不要です)
http://www.clustal.org/
MAFFT
http://mafft.cbrc.jp/alignment/software/
Kakusan4
http://www.fifthdimension.jp/products/kakusan/
Treefinder
http://www.treefinder.de/
TNT (charmode版／Windows版のふたつ)
http://www.zmuc.dk/public/phylogeny/TNT/
Phylogears2 (Alpha testing release版／2010.08.18版)
http://www.fifthdimension.jp/products/phylogears/
FigTree
http://tree.bio.ed.ac.uk/software/figtree/
trimAl
http://trimal.cgenomics.org/
ファイルを展開してできるフォルダの中にbinフォルダがあります。その中のファ
イルをC:\Perl\binに入れておいて下さい。
Windowsは標準では拡張子を表示しませんので、表示するように設定変更を．
ユーザーアカウント制御の無効化方法（Vista）
http://www.atmarkit.co.jp/fwin2k/win2ktips/859disuac/disuac.html
MEGA 4
http://www.megasoftware.net/mega41.html
MEGA 5
http://www.megasoftware.net/beta/index.php
MrBayes
http://mrbayes.csit.fsu.edu/
【名称】日本計量生物学会2010年度大会特別セッション
〈農学・生態学・進化学でのベイズ統計手法の応用に関する諸問題〉
【主催】日本計量生物学会（ http://wwwsoc.nii.ac.jp/jbs/index_i.html ）
【日時】２０１０年５月２２日（土）午後２時半〜５時
【場所】統計数理研究所・大講義室（東京都立川市）
http://www.ism.ac.jp/
http://www.ism.ac.jp/access/index_j.html （アクセス）
【趣旨】
生物統計学の近年の応用研究では，ベイジアンＭＣＭＣに代表される計算
統計学的手法を用いたベイズ推定がさまざまな応用分野に適用されるよう
になってきた．とりわけ，コンピューター・ハードウェアの高性能化と使
い勝手のよいソフトウェアの普及により，農学・生態学・進化学の分野で
は最近十年の短期間に急速にこれらのベイズ統計学の手法が浸透している．
今回の特別セッションでは，これら生物統計学の分野でいま先導的な研究
を進めている若手の研究者に，ベイズ統計学をそれぞれの問題状況で用い
るときに生じる理論的問題と実践的問題について話題提供をしていただき，
分野を越えて共通する問題点について議論を深める場にしたい．
【演者・演題】 ※演者確定，演題仮題，順序確定
１）岸野洋久（東京大学）「ベイズ統計手法の応用の現状と展望（仮）」
２）北門利英（東京海洋大学）「水産資源学におけるベイズモデリング（仮）」
３）林武司（農業生物資源研究所）「ベイズ手法を用いた遺伝育種研究（仮）」
４）田辺晶史（筑波大学）「ベイズ法をもちいた系統進化の解析（仮）」
５）伊東宏樹（森林総合研究所）「植物生態学とベイジアンＭＣＭＣ（仮）」
６）久保拓弥（北海道大学）「集団動態のベイズモデリング（仮）」
【司会】三中信宏（オーガナイザー：農業環境技術研究所）
【進行】趣旨説明２分，各講演２０分，個別質疑３分，総合討論１０分
—-
【書名】分類思考の世界：なぜヒトは万物を「種」に分けるのか
【著者】三中信宏
【URL 】 http://shop.kodansha.jp/bc2_bc/search_view.jsp?b=288014
【刊行】2009年9月20日
【出版】講談社，東京
【叢書】現代新書2014
【頁数】328 pp.
【定価】800円（本体価格）
【ISBN】978-4-06-288014-5
【参考】コンパニオンサイト
→ http://cse.niaes.affrc.go.jp/minaka/files/SpeciesRIP.html
—-
【目次】
長めの前口上：物語の幕が上がる前に
１．トリヴィア，マルジナリア，あるいは記憶の痕跡
→ http://cse.niaes.affrc.go.jp/minaka/files/NotesBervale1.html
２．「種」と「分類」の世界へようこそ
→ http://cse.niaes.affrc.go.jp/minaka/files/NotesBervale2.html
プロローグ：生まれしものは滅びゆく（二〇〇六年オアハカ，メキシコ） 9
第１章 「種」に交わればキリがない 21
１．日本最低の山と日本最短の川 22
２．リンネから三〇〇年−分類学はいま 26
３．分類するは人の常 32
４．開かれた難問＝「種」の問題 35
第２章 「種」よ，人の望みの喜びよ 45
１．仲間はずれのカモノハシ君 46
２．あるものはある，ないものもある 50
３．問われない分類の存在論をあえて問う 55
４．そして形而上学の聖なる泥沼へ沈んでいく 60
第３章 老狐幽霊非怪物，清風明月是真怪 65
１．虚ろな空間が不安である理由 66
２．共時的な多様性と継時的な可変性 70
３．今日のワタシは昨日のワタシか 74
４．「心は妖怪の母と申してよろしい」 78
第４章 真なるものはつねに秘匿されている 83
１．秋深まる京都にてレトリックにめぐり合う 84
２．引導をわたす哲学者：メタファーと類似性の関係 86
３．秘匿されたメトニミーは何を見ているか 92
４．ヒトは心理的本質主義者である 96
第５章 いたるところリヴァイアサンあり 103
１．群として生きる 104
２．群として進化する 109
３．進化するものが「種」である 114
４．リヴァイアサン，あるいは超個体としての群はあるか 119
第６章 プリンキピア・タクソノミカ 123
１．ルーツとしての『プリンキピア・マテマティカ』 124
２．「種カテゴリー」をめぐる問題 129
３．「種タクソン」をめぐる問題 135
４．来たる時代の『プリンキピア・タクソノミカ』 140
インテルメッツォ：実在是表象，表象是実在（二〇〇七年ニューオーリンズ，アメリカ） 145
第７章 一度目は喜劇，二度目は茶番 161
１．過ぎ去った昔のことではなく 162
２．ルイセンコ論争と種概念 166
３．「種は現実に存在する単位である」 170
４．隠れた水脈と隠された知脈を求めて 176
第８章 つながるつながるつながるなかで 181
１．“見えざる手”に遠隔操作され 182
２．万物流転とイデアによる救済 186
３．種をめぐる「本質主義物語」 192
４．「わたしはわたしを見つけ出す」 196
第９章 ナボコフの“ブルース” 201
１．「種」は“システム”であってほしいか 202
２．「本質主義」的方法論の終焉 209
３．「蝶が私を選んだんだよ」 215
第１０章 目覚めよ、すべての花よ 221
１．上野の森のダーウィン生誕二〇〇年祭 222
２．グレの入り江に『種の起源』が流れ着く 227
３．「神よ，御身は道を誤れり」 232
４．“古い分類学”で何が悪い 236
第１１章 時空ワームの断片として 243
１．木を見て，森も見る 244
２．系譜はかぎりなく変化する 247
３．四次元空間の“時空ワーム” 250
４．「生命の樹」の断片として生きる 254
第１２章 「種」よ，安らかに眠りたまえ 259
１．ゲッティンゲンの石畳を踏みしめて 260
２．パウルとフランツィスカの物語 263
３．ヒトは「種問題」とともに 269
４．「記載の科学」から「分類の科学」へ 274
５．コーダ −− 永遠なる「種」を慕って 279
エピローグ：滅びしものはよみがえる（二〇〇八年トゥクマン，アルゼンチン） 283
あとがき：「分類のための弁明」に代えて 297
私的ガイド付き文献リスト（現世で迷わないために） [325-306]
→ http://cse.niaes.affrc.go.jp/minaka/files/SpeciesRIP-References.html
索引 [328-326]
初出一覧
→ http://cse.niaes.affrc.go.jp/minaka/files/SpeciesRIP-sources.html
第141回農林交流センターワークショップ
〈分子系統樹推定法：理論と応用〉
趣旨
遺伝子塩基配列やタンパク質アミノ酸配列の分子シーケンスデータを用いた分子系統学は、理論的にも応用面でも重要な知見を与える分野である。しかし、分子データを用いて系統樹を推定する手法は最近の進展が著しく、必要とされる基礎的知識と実践的技法の習得は必ずしも容易ではない。とりわけ、農林水産業を含む関連分野の研究者にとっては、実際の生物に関する分子データ収集のみならず、分子進化学や統計解析の理論、さらにはゲノム情報学まで含む学際的な性格が強い系統推定論をしっかり学ぶ機会は現実的にはほとんどないといってよい。 本ワークショップでは、分子系統樹の的確な推定に必要な基礎的理論（進化生物学、分子進化学、統計学ならびにバイオインフォマティクス）を講義するとともに、パソコンを用いたデータ解析ならびにプログラミングのコンピュータ実習を行い、受講者が自力で系統樹を推定するために必要な技法を習得させる。 あわせて、実際に農林水産研究の現場において、推定された分子系統樹を用いてどのような実践的研究が進められているのかを示し、その応用範囲と将来的可能性についても解説する。
開催日 2009年11月4日（水）〜6日（金）
場所 農林水産省農林水産技術会議事務局筑波事務所
情報通信共同利用館（電農館）
3Ｆセミナー室【つくば市観音台2-1-9】
主催 筑波農林研究交流センター、(独)農業環境技術研究所
対象 産学官の研究者
募集人数 30名
日程表
◆2009年11月4日（水）
9:30-11:00［講義］「生物系統学概論」
三中信宏（農業環境技術研究所）
11:00-12:00［講義］「生物統計学概論」
三中信宏（農業環境技術研究所）
13:00-15:00［講義・実習］「系統ネットワークの理論と応用」
斎藤成也（国立遺伝学研究所）
15:00-17:00［講義・実習］「ゲノム情報の探索と配列のアラインメント」
伊藤剛（農業生物資源研究所）
◆2009年11月5日（木）
9:00-10:00［講義］「系統推定論」
三中信宏（農業環境技術研究所）
10:00-12:00［講義・実習］「分子進化モデル選択論」
田辺晶史（筑波大学）
13:00-15:00［講義］「分子進化学と分子系統学」
岸野洋久（東京大学）
15:00-17:00［講義・実習］「ＭＥＧＡ５を用いた分子系統解析」
田村浩一郎（首都大学東京）
◆2009年11月6日（金）
9:00-10:30［講義・実習］「分子系統樹に基づく共進化の分析」
川北篤（京都大学）
10:30-12:00［講義］「最尤法を用いた魚類の大規模系統解析」
宮正樹（千葉県立中央博物館）
13:00-15:30［実習］「系統推定ソフトウェア演習」
田辺晶史（筑波大学）・三中信宏（農業環境技術研究所）
15:30-17:00［討論］「分子系統解析のトラブル・シューティング」
三中信宏（農業環境技術研究所）・田辺晶史（筑波大学）
申込方法
下記サイトをご覧ください：
http://www.affrc.go.jp/ja/tsukuba_office/tbh/seminar/141ws.html
所定の書式で９月２５日（金）正午までにお申し込みください。（必着）
問合せ先
農林水産技術会議事務局筑波事務所研究交流課
交流係 岡田、風間 電話 029-838-7129
メールでのお問い合わせは下記からお願いします：
http://pursue.dc.affrc.go.jp/form/fm/tbh/wstoiwase
参加費 無料
交通費・宿泊費 各自負担
（宿泊については筑波事務所国内研修生宿泊施設をご利用いただけます。）
受講決定 １０月９日頃 郵送にてお知らせいたします。
REVIEWS
WITHERS, R. F. J.
The British Journal for the Philosophy of Science
1957
VIII(30):171-172;
doi:10.1093/bjps/VIII.30.171
The Systematics Association Special Volume
Descriptive Taxonomy: The Foundation of Biodiversity Research
Cambridge University Press.
To be published in 2009
University of Notre Dame
http://philosophy.nd.edu/people/all/profiles/van-inwagen-peter/
Peter van Inwagen (1990)
Material Beings
Cornell University Press, Ithaca, x+299 pp., ISBN:0-8014-8306-9 [pbk]
http://www.cornellpress.cornell.edu/cup_detail.taf?ti_id=1592
Google Book Search
http://www.peterlang.com/index.cfm?vID=310216&vLang=E&vHR=1&vUR=2&vUUR=1
John S. Wilkins
Defining Species A Sourcebook from Antiquity to Today
Peter Lang Publishing
Series: American University Studies
Series 5: Philosophy 
Vol. 203 Year of Publication: 2009 New York, Bern, Berlin, Bruxelles, Frankfurt am Main, Oxford, Wien, 2009. 238 pp.
ISBN 978-1-4331-0216-5 hardback
US-$ 74.95
Species and Systematics, 1
University of California Press $49.95, £34.95 hardcover
NYP—Due 9/09
320 pages, 6 x 9 inches, 16 line illustrations, 1 table
September 2009, Available worldwide
